如讨论与中国综合的撞船事件的有事认定等

总括部门是综合协调部，日本国家安全保障局的局长和副局长由日本外务省和日本防卫省文职出身的日本官房副长官助理担任，以便日本国家安全会议制定应对措施， 据日本《产经新闻》11月9日报道，在发生战事和紧急事态时， ，负责人由日本防卫省官员担任，负责实际工作的约60名工作人员分配到总括、战略、情报、同盟友好国、中国朝鲜、其他地区等6个部门， 战略部门将起草日本外交和防卫政策的基本方针，被列为各部之首，如讨论与中国的撞船事件的有事认定等，其下的审议官由日本外务和日本防卫官员及日本自卫官等3人担任， 参考消息网11月10日报道 日本媒体日前获悉日本版国家安全会议的事务局国家安全保障局的组织构成， 情报部门负责将日本政府机构平时收集上来的有关外交和防卫领域的各种情报进行综合分析，其负责人也由日本防卫省官员担任，负责对情报进行一元化管理。

6部门负责人格局为日本防卫省3人、日本外务省2人、日本警察厅1人，战略部门同时负责讨论灰色区域事态的对策方针。